O CIIS é constituído pelos seguintes órgãos:
 
  • A Diretora: Professora Doutora Marlene Maria Tourais de Barros
     
  • O Conselho Científico: Constituído por todos os Investigadores Integrados do Centro
     
Completam a estrutura do CIIS:
 
  • Os Coordenadores de Áreas Científicas
     
  • Os Investigadores Integrados - Doutorados da UCP ou de outras instituições, com atividade de investigação relacionada com os objetivos do Centro e que declarem ao Diretor a sua vontade de adesão, sujeita a aprovação pelo Conselho Científico. 
     
  • Os Investigadores Colaboradores - Doutorados ou não, da UCP ou de outras instituições, ou estudantes em programas académicos de 2.º ou 3.º ciclos, desde que a sua atividade de investigação o justifique e declarem ao Diretor a sua vontade de adesão, sujeita a aprovação pelo Conselho Científico. 
     
  • A Comissão Externa de Acompanhamento Estratégico e Científico (CEAEC) - Constituída por individualidades portuguesas e estrangeiras de reconhecido mérito técnico-científico.

Para cumprir os objetivos traçados, o CIIS organiza as suas infraestruturas, os investigadores integrados e respetivas competências, em 5 plataformas: