O CIIS é constituído pelos seguintes órgãos:
- A Diretora: Professora Doutora Marlene Maria Tourais de Barros
- O Conselho Científico: Constituído por todos os Investigadores Integrados do Centro
Completam a estrutura do CIIS:
- Os Coordenadores de Áreas Científicas
- Os Investigadores Integrados - Doutorados da UCP ou de outras instituições, com atividade de investigação relacionada com os objetivos do Centro e que declarem ao Diretor a sua vontade de adesão, sujeita a aprovação pelo Conselho Científico.
- Os Investigadores Colaboradores - Doutorados ou não, da UCP ou de outras instituições, ou estudantes em programas académicos de 2.º ou 3.º ciclos, desde que a sua atividade de investigação o justifique e declarem ao Diretor a sua vontade de adesão, sujeita a aprovação pelo Conselho Científico.
- A Comissão Externa de Acompanhamento Estratégico e Científico (CEAEC) - Constituída por individualidades portuguesas e estrangeiras de reconhecido mérito técnico-científico.
Para cumprir os objetivos traçados, o CIIS organiza as suas infraestruturas, os investigadores integrados e respetivas competências, em 5 plataformas:
- Translational Neuroscience Platform (Coordenadores- Alexandre de Castro Caldas – Lisboa / Carla Pais Vieira - Porto)
- CatólicaMed Platform (Coordenador- Paulo Bettencourt) - Lisboa
- Nursing Research Platform (Coordenadores- Margarida Vieira e Paulo Alves / Porto, Sérgio Deodato / Lisboa)
- SalivaTec Platform (Coordenador- Nuno Rosa - Viseu)
- Precision Dental Medicine Platform (Coordenador- André Correia - Viseu)