A Faculdade de Medicina Dentária tem como órgãos de governo uma Diretora, um Conselho de Direção e um Conselho Científico. São também órgãos da Faculdade, com funções específicas, o Conselho Pedagógico, a Comissão da Qualidade e o Conselho Consultivo (Advisory Board).

Membros e Funções na FMD
Conselho Direção
O Conselho de Direção é composto pela Diretora e por até três vogais, nomeados pela Reitora sob proposta da Diretora:
- Professora Doutora Marlene Barros - Presidente, Diretora da FMD
- Professora Doutora Maria José Correia
- Professor Doutor Nélio Veiga
- Professora Doutora Patrícia Fonseca
Conselho Científico
Integram o Conselho Científico:
- Professora Doutora Marlene Barros (Profª Catedrática) – Presidente, Diretora da FMD e do CIIS
- Professora Doutora Maria José Correia (Profª Associada) – Coordenadora do 1º ciclo de MIMD
- Professora Doutora Ana Sofia Duarte (Profª Auxiliar) – Coordenadora da LCB 1º ciclo, responsável pelas Atividades de Extensão, Comunicação e Marketing da FMD
- Professor Doutor Nélio Veiga (Prof Auxiliar) - Coordenador do 2º ciclo de MIMD
- Professor Doutor Nuno Rosa (Prof Auxiliar) - Presidente do Conselho Pedagógico, Coordenador do Mestrado em Biomedicina Aplicada - Computação e Gestão
- Professor Doutor Luís Silva Santos (Prof Auxiliar) - Coordenador do Ensino Pós-graduado
- Professor Doutora Anna Carolina Mello de Moura (Profª Auxiliar) - Diretora Clínica
- Professora Doutora Raquel Silva (Profª Auxiliar) - responsável pelas Atividades de Internacionalização da FMD
- Professor Doutor André Correia (Prof Auxiliar)
- Professora Doutora Andreia Figueiredo (Profª Auxiliar)
- Professora Doutora Mariana Seabra (Profª Auxiliar)
- Professora Doutora Patrícia Fonseca (Profª Auxiliar)
- Professora Doutora Rita Noites (Profª Auxiliar)
- Professor Doutor Tiago Borges (Prof Auxiliar)
Conselho Pedagógico
O Conselho Pedagógico tem um Presidente que é nomeado pela Reitora por indicação do Diretor da faculdade.
- Presidente: Professor Doutor Nuno Rosa
Um professor de carreira por cada curso conferente de grau;
- MIMD – Professor Doutor André Correia
- LCB – Mestre Luís Silva Santos
Discentes que são eleitos pelos pares sendo 1 de cada curso de licenciatura e 1 de cada curso de mestrado;
- Discente representante do 1.º ciclo MIMD: Ana Raquel Veloso Nogueira Ferreira
- Discente representante do 2.º ciclo MIMD: Tatiana da Silva Serrão
- Discente representante da LCB: Margarida Silva Pombo
Conselho Consultivo
O Conselho Consultivo é constituído:
- Conselho de Direção
- Três a cinco personalidades de reconhecido mérito na área da saúde, convidadas pelo Reitor sob proposta do Diretor da Faculdade de Medicina Dentária.
- Em construção
Ensino pós-graduado - Advanced Dental Education Program
A coordenação do ensino pós-graduado fica sob a responsabilidade de um Coordenador nomeado pelo Reitor sob proposta do Diretor da faculdade.
- A designar
Atividades de Extensão Comunicação e Internacionalização
As atividades de Extensão, Comunicação e Internacionalização da Faculdade de Medicina Dentária têm um Coordenador nomeado pelo Diretor da faculdade.